红茶菌茶饮料好喝易制作，但是它也是有副作用的。特别是对于消化不好的人，其实这种副作用只是身体自清毒素的自卫反应。下面我们来探讨一下红茶菌的副作用以及其科学的饮用改善方法。
以下是红茶菌饮料的副作用：
1、过敏反应：尤其是患有酸过敏的人，饮用红茶菌可能会感觉不舒服，因为红茶菌含有有机酸。
2、细胞因子的活性过度活跃刺激自身免疫系统造成一些反应。
3、自身的一些疾病或者肾脏与膀胱功能相对较弱造成的。如果本身肾脏功能不强或者毒素太多，然后喝的剂量太多，会导致肾脏超负荷工作。（可导致关节炎，腰痛，神经痛，痛风，肾病等）
4、有些初饮者服用红茶菌后会有的副作用，如兴奋、失眠、胃酸、轻度腹泻、皮肤发痒等。
减少红茶菌副作用的饮用方法：
1、培养后的菌液应随倒随喝，为了保持菌液中酵母菌和乳酸菌的活性，不应装入瓶内或冷藏在冰箱中。
2、为了避免菌液过酸，刺激肠胃，甚至引起并发性的酸中毒，可用冷开水冲稀菌液饮用，忌用冰冻水。
3、根据自身体质，每天饮用一次或多次。饮用时宜加入2倍的凉开水冲淡再饮用，使菌液甜酸可口。
4、初次饮用出现副作用使如能坚持饮用，大多症状会自行消失。
注意：要从饮食上做出改变，特别是减少动物性食物，加上适当锻炼，比如长时散步和深呼吸。配合喝红茶菌饮料坚持两三个月会有很大改善，一年左右便可完全正常化，人类有很强的自我修复能力，但是贵在坚持。
红茶菌更是一种食物，一种有益的传统营养食物饮料。红茶菌并不是像那些药物一样在严格的工业化标准下生产制造出来的，往往没有什么专业的论文和依据像药物一样去论断它对一些疾病的疗效，但是是中国几百年流传下来的文化，因此这种营养饮料并不会有太严重的副作用，大家可以放心饮用哦。